So, this issue has been discussed a bit here http://processing.org/discourse/yabb2/YaBB.pl?num=1190848859 but I was unable to solve me problems. Essentially, my issue is the same: I have created an applet (in Eclipse), deployed a jar which I packaged with the core library from Processing and, though I can make calls from the Applet to the javascript functions in the page, I can not go in the other direction.
Since I am already a bit familiar with JQuery and Prototype, both of which I am making use of in page for various reasons, I tried using selectors to get at the object but to no effect. Initially, I had been using the html as Processing had rendered it -- using <object> tags -- but have since tried <applet> tags. While both rendered, neither worked.
The function that I am trying to access is within the main class -- called squaresApplet -- which extends PApplet.
What on earth can I do to solve this? I realize that I could simply construct a button in processing .. but that's not nearly as elegant.

For reference, the java, html and javascript code. The function I want to call is called 'reset()'.

1. import processing.core.*;
2. import netscape.javascript.JSObject;
3. public class squaresApplet extends PApplet {
4.     int canvasWidth = 700;
5.     int canvasHeight = 300;
6.     float[][] squares;
7.     int oldSquareClicked = -1;
8.     int newSquareClicked = -1;
9.     int squareHover = -1;
10.     boolean[] linesVisible = new boolean[12];
11.     public void setup() {
12.         size(this.canvasWidth, this.canvasHeight);
13.         background(color(255, 255, 255));
14.         strokeWeight(1.0F);
15.         frameRate(15.0F);
16.         smooth();
17.         this.squares = new float[4][3];
18.         this.squares[0][0] = (this.canvasWidth / 3);
19.         this.squares[0][1] = (this.canvasHeight / 6);
20.         this.squares[0][2] = 30.0F;
21.         this.squares[1][0] = (this.canvasWidth * 2 / 3);
22.         this.squares[1][1] = (this.canvasHeight / 6);
23.         this.squares[1][2] = 30.0F;
24.         this.squares[2][0] = (this.canvasWidth / 3);
25.         this.squares[2][1] = (this.canvasHeight * 5 / 6);
26.         this.squares[2][2] = 30.0F;
27.         this.squares[3][0] = (this.canvasWidth * 2 / 3);
28.         this.squares[3][1] = (this.canvasHeight * 5 / 6);
29.         this.squares[3][2] = 30.0F;
30.         this.linesVisible[0] = false;
31.         this.linesVisible[1] = false;
32.         this.linesVisible[2] = false;
33.         this.linesVisible[3] = false;
34.         this.linesVisible[4] = false;
35.         this.linesVisible[5] = false;
36.         this.linesVisible[6] = false;
37.         this.linesVisible[7] = false;
38.         this.linesVisible[8] = false;
39.         this.linesVisible[9] = false;
40.         this.linesVisible[10] = false;
41.         this.linesVisible[11] = false;
42.     }
43.     public void draw() {
44.         update(this.mouseX, this.mouseY);
45.         /*if (this.hoverNext)
46.             fill(color(255, 255, 255));
47.         else {
48.             fill(color(211, 211, 211));
49.         }
50.         rect(530.0F, 365.0F, 165.0F, 30.0F);
51.         if (this.hoverReset)
52.             fill(color(255, 255, 255));
53.         else {
54.             fill(color(211, 211, 211));
55.         }
56.         rect(530.0F, 333.0F, 165.0F, 30.0F);
57.         PFont localPFont = loadFont("Ziggurat-HTF-Black-32.vlw");
58.         textFont(localPFont, 50.0F);
59.         fill(0);
60.         text("Reset", 590.0F, 355.0F, 30.0F, 20.0F);
61.         text("Next", 595.0F, 385.0F, 30.0F, 20.0F);*/
62.         stroke(100);
63.         int i = 0;
64.         int j = 1;
65.         int k = 2;
66.         for (int m = 0; m <= 3; m++) {
67.             if ((this.squareHover == m) || (this.newSquareClicked == m)) {
68.                 fill(255.0F, 215.0F, 0.0F);
69.             } else {
70.                 fill(0.0F, 121.0F, 184.0F);
71.             }
72.             rect(this.squares[m][i], this.squares[m][j], this.squares[m][k],
73.                     this.squares[m][k]);
74.         }
75.         for (int m = 0; m <= 11; m++) {
76.             if (this.linesVisible[m] == false) {
77.                 eraseLine(m);
78.             }
79.         }
80.         for (int m = 0; m <= 11; m++)
81.             if (this.linesVisible[m] != false)
82.                 drawLine(m);
83.     }
84.     public void eraseLine(int paramInt) {
85.         strokeWeight(7.0F);
86.         fill(color(255, 255, 255));
87.         stroke(color(255, 255, 255));
88.         int[][] arrayOfInt = getPointsArray();
89.         int i = 0;
90.         int j = 1;
91.         if (paramInt == 0) {
92.             line(arrayOfInt[0][i], arrayOfInt[0][j], arrayOfInt[1][i],
93.                     arrayOfInt[1][j]);
94.             triangle(arrayOfInt[1][i], arrayOfInt[1][j], arrayOfInt[1][i] - 10,
95.                     arrayOfInt[1][j] + 10, arrayOfInt[1][i] - 10,
96.                     arrayOfInt[1][j] - 10);
97.         } else if (paramInt == 1) {
98.             line(arrayOfInt[0][i], arrayOfInt[0][j], arrayOfInt[1][i],
99.                     arrayOfInt[1][j]);
100.             triangle(arrayOfInt[0][i], arrayOfInt[0][j], arrayOfInt[0][i] + 10,
101.                     arrayOfInt[0][j] + 10, arrayOfInt[0][i] + 10,
102.                     arrayOfInt[0][j] - 10);
103.         } else if (paramInt == 2) {
104.             line(arrayOfInt[2][i], arrayOfInt[2][j], arrayOfInt[3][i],
105.                     arrayOfInt[3][j]);
106.             triangle(arrayOfInt[3][i], arrayOfInt[3][j], arrayOfInt[3][i] - 10,
107.                     arrayOfInt[3][j] - 10, arrayOfInt[3][i] + 10,
108.                     arrayOfInt[3][j] - 10);
109.         } else if (paramInt == 3) {
110.             line(arrayOfInt[2][i], arrayOfInt[2][j], arrayOfInt[3][i],
111.                     arrayOfInt[3][j]);
112.             triangle(arrayOfInt[2][i], arrayOfInt[2][j], arrayOfInt[2][i] - 10,
113.                     arrayOfInt[2][j] + 10, arrayOfInt[2][i] + 10,
114.                     arrayOfInt[2][j] + 10);
115.         } else if (paramInt == 4) {
116.             line(arrayOfInt[4][i], arrayOfInt[4][j], arrayOfInt[5][i],
117.                     arrayOfInt[5][j]);
118.             triangle(arrayOfInt[5][i], arrayOfInt[5][j], arrayOfInt[5][i] + 10,
119.                     arrayOfInt[5][j] + 10, arrayOfInt[5][i] + 10,
120.                     arrayOfInt[5][j] - 10);
121.         } else if (paramInt == 5) {
122.             line(arrayOfInt[4][i], arrayOfInt[4][j], arrayOfInt[5][i],
123.                     arrayOfInt[5][j]);
124.             triangle(arrayOfInt[4][i], arrayOfInt[4][j], arrayOfInt[4][i] - 10,
125.                     arrayOfInt[4][j] + 10, arrayOfInt[4][i] - 10,
126.                     arrayOfInt[4][j] - 10);
127.         } else if (paramInt == 6) {
128.             line(arrayOfInt[6][i], arrayOfInt[6][j], arrayOfInt[7][i],
129.                     arrayOfInt[7][j]);
130.             triangle(arrayOfInt[7][i], arrayOfInt[7][j], arrayOfInt[7][i] - 10,
131.                     arrayOfInt[7][j] + 10, arrayOfInt[7][i] + 10,
132.                     arrayOfInt[7][j] + 10);
133.         } else if (paramInt == 7) {
134.             line(arrayOfInt[6][i], arrayOfInt[6][j], arrayOfInt[7][i],
135.                     arrayOfInt[7][j]);
136.             triangle(arrayOfInt[6][i], arrayOfInt[6][j], arrayOfInt[6][i] - 10,
137.                     arrayOfInt[6][j] - 10, arrayOfInt[6][i] + 10,
138.                     arrayOfInt[6][j] - 10);
139.         } else if (paramInt == 8) {
140.             line(arrayOfInt[8][i], arrayOfInt[8][j], arrayOfInt[10][i],
141.                     arrayOfInt[10][j]);
142.             triangle(arrayOfInt[10][i], arrayOfInt[10][j], arrayOfInt[10][i],
143.                     arrayOfInt[10][j] - 10, arrayOfInt[10][i] - 10,
144.                     arrayOfInt[10][j]);
145.         } else if (paramInt == 9) {
146.             line(arrayOfInt[9][i], arrayOfInt[9][j], arrayOfInt[11][i],
147.                     arrayOfInt[11][j]);
148.             triangle(arrayOfInt[11][i], arrayOfInt[11][j], arrayOfInt[11][i],
149.                     arrayOfInt[11][j] - 10, arrayOfInt[11][i] + 10,
150.                     arrayOfInt[11][j]);
151.         } else if (paramInt == 10) {
152.             line(arrayOfInt[8][i], arrayOfInt[8][j], arrayOfInt[10][i],
153.                     arrayOfInt[10][j]);
154.             triangle(arrayOfInt[8][i], arrayOfInt[8][j], arrayOfInt[8][i],
155.                     arrayOfInt[8][j] + 10, arrayOfInt[8][i] + 10,
156.                     arrayOfInt[8][j]);
157.         } else if (paramInt == 11) {
158.             line(arrayOfInt[9][i], arrayOfInt[9][j], arrayOfInt[11][i],
159.                     arrayOfInt[11][j]);
160.             triangle(arrayOfInt[9][i], arrayOfInt[9][j], arrayOfInt[9][i],
161.                     arrayOfInt[9][j] + 10, arrayOfInt[9][i] - 10,
162.                     arrayOfInt[9][j]);
163.         }
164.     }
165.     public void drawLine(int paramInt) {
166.         strokeWeight(5.0F);
167.         fill(color(100));
168.         stroke(color(100));
169.         int[][] arrayOfInt = getPointsArray();
170.         int i = 0;
171.         int j = 1;
172.         if (paramInt == 0) {
173.             line(arrayOfInt[0][i], arrayOfInt[0][j], arrayOfInt[1][i],
174.                     arrayOfInt[1][j]);
175.             triangle(arrayOfInt[1][i], arrayOfInt[1][j], arrayOfInt[1][i] - 10,
176.                     arrayOfInt[1][j] + 10, arrayOfInt[1][i] - 10,
177.                     arrayOfInt[1][j] - 10);
178.         } else if (paramInt == 1) {
179.             line(arrayOfInt[0][i], arrayOfInt[0][j], arrayOfInt[1][i],
180.                     arrayOfInt[1][j]);
181.             triangle(arrayOfInt[0][i], arrayOfInt[0][j], arrayOfInt[0][i] + 10,
182.                     arrayOfInt[0][j] + 10, arrayOfInt[0][i] + 10,
183.                     arrayOfInt[0][j] - 10);
184.         } else if (paramInt == 2) {
185.             line(arrayOfInt[2][i], arrayOfInt[2][j], arrayOfInt[3][i],
186.                     arrayOfInt[3][j]);
187.             triangle(arrayOfInt[3][i], arrayOfInt[3][j], arrayOfInt[3][i] - 10,
188.                     arrayOfInt[3][j] - 10, arrayOfInt[3][i] + 10,
189.                     arrayOfInt[3][j] - 10);
190.         } else if (paramInt == 3) {
191.             line(arrayOfInt[2][i], arrayOfInt[2][j], arrayOfInt[3][i],
192.                     arrayOfInt[3][j]);
193.             triangle(arrayOfInt[2][i], arrayOfInt[2][j], arrayOfInt[2][i] - 10,
194.                     arrayOfInt[2][j] + 10, arrayOfInt[2][i] + 10,
195.                     arrayOfInt[2][j] + 10);
196.         } else if (paramInt == 4) {
197.             line(arrayOfInt[4][i], arrayOfInt[4][j], arrayOfInt[5][i],
198.                     arrayOfInt[5][j]);
199.             triangle(arrayOfInt[5][i], arrayOfInt[5][j], arrayOfInt[5][i] + 10,
200.                     arrayOfInt[5][j] + 10, arrayOfInt[5][i] + 10,
201.                     arrayOfInt[5][j] - 10);
202.         } else if (paramInt == 5) {
203.             line(arrayOfInt[4][i], arrayOfInt[4][j], arrayOfInt[5][i],
204.                     arrayOfInt[5][j]);
205.             triangle(arrayOfInt[4][i], arrayOfInt[4][j], arrayOfInt[4][i] - 10,
206.                     arrayOfInt[4][j] + 10, arrayOfInt[4][i] - 10,
207.                     arrayOfInt[4][j] - 10);
208.         } else if (paramInt == 6) {
209.             line(arrayOfInt[6][i], arrayOfInt[6][j], arrayOfInt[7][i],
210.                     arrayOfInt[7][j]);
211.             triangle(arrayOfInt[7][i], arrayOfInt[7][j], arrayOfInt[7][i] - 10,
212.                     arrayOfInt[7][j] + 10, arrayOfInt[7][i] + 10,
213.                     arrayOfInt[7][j] + 10);
214.         } else if (paramInt == 7) {
215.             line(arrayOfInt[6][i], arrayOfInt[6][j], arrayOfInt[7][i],
216.                     arrayOfInt[7][j]);
217.             triangle(arrayOfInt[6][i], arrayOfInt[6][j], arrayOfInt[6][i] - 10,
218.                     arrayOfInt[6][j] - 10, arrayOfInt[6][i] + 10,
219.                     arrayOfInt[6][j] - 10);
220.         } else if (paramInt == 8) {
221.             line(arrayOfInt[8][i], arrayOfInt[8][j], arrayOfInt[10][i],
222.                     arrayOfInt[10][j]);
223.             triangle(arrayOfInt[10][i], arrayOfInt[10][j], arrayOfInt[10][i],
224.                     arrayOfInt[10][j] - 10, arrayOfInt[10][i] - 10,
225.                     arrayOfInt[10][j]);
226.         } else if (paramInt == 9) {
227.             line(arrayOfInt[9][i], arrayOfInt[9][j], arrayOfInt[11][i],
228.                     arrayOfInt[11][j]);
229.             triangle(arrayOfInt[11][i], arrayOfInt[11][j], arrayOfInt[11][i],
230.                     arrayOfInt[11][j] - 10, arrayOfInt[11][i] + 10,
231.                     arrayOfInt[11][j]);
232.         } else if (paramInt == 10) {
233.             line(arrayOfInt[8][i], arrayOfInt[8][j], arrayOfInt[10][i],
234.                     arrayOfInt[10][j]);
235.             triangle(arrayOfInt[8][i], arrayOfInt[8][j], arrayOfInt[8][i],
236.                     arrayOfInt[8][j] + 10, arrayOfInt[8][i] + 10,
237.                     arrayOfInt[8][j]);
238.         } else if (paramInt == 11) {
239.             line(arrayOfInt[9][i], arrayOfInt[9][j], arrayOfInt[11][i],
240.                     arrayOfInt[11][j]);
241.             triangle(arrayOfInt[9][i], arrayOfInt[9][j], arrayOfInt[9][i],
242.                     arrayOfInt[9][j] + 10, arrayOfInt[9][i] - 10,
243.                     arrayOfInt[9][j]);
244.         }
245.     }
246.     public int[][] getPointsArray() {
247.         int[][] arrayOfInt = new int[12][2];
248.         int i = 30;
249.         arrayOfInt[0][0] = (this.canvasWidth / 3 + i + 10);
250.         arrayOfInt[0][1] = (this.canvasHeight / 6 + i / 2);
251.         arrayOfInt[1][0] = (this.canvasWidth * 2 / 3 - 10);
252.         arrayOfInt[1][1] = (this.canvasHeight / 6 + i / 2);
253.         arrayOfInt[2][0] = (this.canvasWidth * 2 / 3 + i / 2);
254.         arrayOfInt[2][1] = (this.canvasHeight / 6 + i + 10);
255.         arrayOfInt[3][0] = (this.canvasWidth * 2 / 3 + i / 2);
256.         arrayOfInt[3][1] = (this.canvasHeight * 5 / 6 - 10);
257.         arrayOfInt[4][0] = (this.canvasWidth * 2 / 3 - 10);
258.         arrayOfInt[4][1] = (this.canvasHeight * 5 / 6 + i / 2);
259.         arrayOfInt[5][0] = (this.canvasWidth / 3 + i + 10);
260.         arrayOfInt[5][1] = (this.canvasHeight * 5 / 6 + i / 2);
261.         arrayOfInt[6][0] = (this.canvasWidth / 3 + i / 2);
262.         arrayOfInt[6][1] = (this.canvasHeight * 5 / 6 - 10);
263.         arrayOfInt[7][0] = (this.canvasWidth / 3 + i / 2);
264.         arrayOfInt[7][1] = (this.canvasHeight / 6 + i + 10);
265.         arrayOfInt[8][0] = (this.canvasWidth / 3 + i + 7);
266.         arrayOfInt[8][1] = (this.canvasHeight / 6 + i + 7);
267.         arrayOfInt[9][0] = (this.canvasWidth * 2 / 3 - 7);
268.         arrayOfInt[9][1] = (this.canvasHeight / 6 + i + 7);
269.         arrayOfInt[10][0] = (this.canvasWidth * 2 / 3 - 7);
270.         arrayOfInt[10][1] = (this.canvasHeight * 5 / 6 - 7);
271.         arrayOfInt[11][0] = (this.canvasWidth / 3 + i + 7);
272.         arrayOfInt[11][1] = (this.canvasHeight * 5 / 6 - 7);
273.         return arrayOfInt;
274.     }
275.     public void update(int paramInt1, int paramInt2) {
276.         int i = 0;
277.         int j = 1;
278.         int k = 2;
279.         if ((paramInt1 < this.canvasWidth * 2 / 3 + 30 + 5)
280.                 && (paramInt1 > this.canvasWidth / 3 - 5)
281.                 && (paramInt2 > this.canvasHeight / 6)
282.                 && (paramInt2 < this.canvasHeight * 5 / 6 + 30 + 5)) {
283.             if (isInSquare(paramInt1, paramInt2, this.squares[0][i],
284.                     this.squares[0][j], this.squares[0][k])) {
285.                 this.squareHover = 0;
286.             } else if (isInSquare(paramInt1, paramInt2, this.squares[1][i],
287.                     this.squares[1][j], this.squares[1][k])) {
288.                 this.squareHover = 1;
289.             } else if (isInSquare(paramInt1, paramInt2, this.squares[2][i],
290.                     this.squares[2][j], this.squares[2][k])) {
291.                 this.squareHover = 2;
292.             } else if (isInSquare(paramInt1, paramInt2, this.squares[3][i],
293.                     this.squares[3][j], this.squares[3][k]))
294.                 this.squareHover = 3;
295.             else
296.                 this.squareHover = -1;
297.         } else {
298.             this.squareHover = -1;
299.         }
300.     }
301.     public boolean isInSquare(int paramInt1, int paramInt2, float paramFloat1,
302.             float paramFloat2, float paramFloat3) {
303.         return (paramInt1 >= paramFloat1)
304.                 && (paramInt1 <= paramFloat1 + paramFloat3)
305.                 && (paramInt2 >= paramFloat2)
306.                 && (paramInt2 <= paramFloat2 + paramFloat3);
307.     }
308.     public void mousePressed() {
309.         int i = 0;
310.         int j = 1;
311.         int k = 2;
312.         //JSObject.getWindow(this).eval( "alert("Processing says hello.")" );
313.         JSObject jso = JSObject.getWindow(this);
314.         if ((this.mouseX < this.canvasWidth * 2 / 3 + 30 + 5)
315.                 && (this.mouseX > this.canvasWidth / 3 - 5)
316.                 && (this.mouseY > this.canvasHeight / 6)
317.                 && (this.mouseY < this.canvasHeight * 5 / 6 + 30 + 5)) {
318.             if (isInSquare(this.mouseX, this.mouseY, this.squares[0][i],
319.                     this.squares[0][j], this.squares[0][k])) {
320.                 setNewSquareClicked(0);
321.             } else if (isInSquare(this.mouseX, this.mouseY, this.squares[1][i],
322.                     this.squares[1][j], this.squares[1][k])) {
323.                 setNewSquareClicked(1);
324.             } else if (isInSquare(this.mouseX, this.mouseY, this.squares[2][i],
325.                     this.squares[2][j], this.squares[2][k])) {
326.                 setNewSquareClicked(2);
327.             } else if (isInSquare(this.mouseX, this.mouseY, this.squares[3][i],
328.                     this.squares[3][j], this.squares[3][k])) {
329.                 setNewSquareClicked(3);
330.             }
331.             setLinesVisible();
332.             if ((this.oldSquareClicked != -1) && (this.newSquareClicked != -1)) {
333.                 // newAction('AddRelation')
334.                 try {
335.                     jso.eval("newAction('AddRelation')");
336.                     //jso.eval("alert('Just added a new relation?')");
337.                 } catch (Exception ex) {
338.                     ex.printStackTrace();
339.                 }
340.                 // ("newAction()", "AddRelation");
341.                 this.oldSquareClicked = -1;
342.                 this.newSquareClicked = -1;
343.             }
344.         } /*else if ((this.mouseX >= 530) && (this.mouseX <= 530 + 165)
345.                 && (this.mouseY >= 365) && (this.mouseY <= 365 + 30)) {
346.             // newAction('EndTrial');
347.             if (jso != null)
348.                 try {
349.                     jso.eval("newAction('EndTrial')");
350.                 } catch (Exception ex) {
351.                     ex.printStackTrace();
352.                 }
353.         } else if ((this.mouseX >= 530) && (this.mouseX <= 530 + 165)
354.                 && (this.mouseY >= 333) && (this.mouseY <= 333 + 30)) {
355.             this.reset();
356.             // newAction('Reset');
357.             if (jso != null)
358.                 try {
359.                     jso.eval("newAction('Reset')");
360.                 } catch (Exception ex) {
361.                     ex.printStackTrace();
362.                 }
363.         }*/
364.     }
365.     public void setNewSquareClicked(int paramInt) {
366.         this.oldSquareClicked = this.newSquareClicked;
367.         this.newSquareClicked = paramInt;
368.     }
369.     public void setLinesVisible() {
370.         JSObject jso = JSObject.getWindow(this);
371.         if (this.oldSquareClicked == 0) {
372.             if (this.newSquareClicked == 1)
373.                 this.linesVisible[0] = true;
374.             else if (this.newSquareClicked == 2)
375.                 this.linesVisible[7] = true;
376.             else if (this.newSquareClicked == 3)
377.                 this.linesVisible[8] = true;
378.         } else if (this.oldSquareClicked == 1) {
379.             if (this.newSquareClicked == 0)
380.                 this.linesVisible[1] = true;
381.             else if (this.newSquareClicked == 2)
382.                 this.linesVisible[9] = true;
383.             else if (this.newSquareClicked == 3)
384.                 this.linesVisible[2] = true;
385.         } else if (this.oldSquareClicked == 2) {
386.             if (this.newSquareClicked == 0)
387.                 this.linesVisible[6] = true;
388.             else if (this.newSquareClicked == 1)
389.                 this.linesVisible[11] = true;
390.             else if (this.newSquareClicked == 3)
391.                 this.linesVisible[5] = true;
392.         } else if (this.oldSquareClicked == 3) {
393.             if (this.newSquareClicked == 0)
394.                 this.linesVisible[10] = true;
395.             else if (this.newSquareClicked == 1)
396.                 this.linesVisible[3] = true;
397.             else if (this.newSquareClicked == 2) {
398.                 this.linesVisible[4] = true;
399.             }
400.         }
401.         if ((oldSquareClicked != -1) && (newSquareClicked != -1)) {
402.             // updateSquaresArray(oldSquareClicked, newSquareClicked);
403.            
404.              if(jso != null )
405.                  try {
406.                      //jso.eval("alert('"+this.oldSquareClicked+ "','" + this.newSquareClicked+"')");
407.                      jso.eval("updateSquaresArray('"+this.oldSquareClicked+ "','" + this.newSquareClicked+"')");
408.              } catch (Exception ex) {
409.              ex.printStackTrace(); }
410.              
411.         }
412.     }
413.     public void resetLinesVisible() {
414.         for (int i = 0; i <= 11; i++)
415.             this.linesVisible[i] = false;
416.     }
417.     public void resetSquareClicked() {
418.         this.oldSquareClicked = -1;
419.         this.newSquareClicked = -1;
420.     }
421.     public static void main(String[] paramArrayOfString) {
422.         PApplet.main(new String[] { "--bgcolor=#D4D0C8", "squaresApplet" });
423.     }

And here is the web page itself:

1. <body>
2.     <div id="container" style=" margin-left: auto ; margin-right: auto ;">
3.         <div id="assertionSpace" style="font-family: Lucida Grande,Verdana,Arial,sans-serif; font-size: .8em; height:40px">
4.             <center><h1><label id="assertion">Quantified Assertion.</label></h1></center>
5.         </div>
6.             <applet id="squaresApplet-one"
7.                     name="squaresApplet-one"
8.                     archive="squaresApplet.jar"
9.                     code="squaresApplet"
10.                     width="700" MAYSCRIPT
11.                     height="300">
12.             </applet>
13.      
14.         <div style="width:74%; float:left;"><h1></h1></div><button id="Next" class="button" style="width:24%;padding-right:1%;">Next</button>
15.         <div style="width:74%; float:left;"><h1></h1></div><button id="Reset" class="button" style="width:24%;padding-right:1%;">Reset</button>
16.     </div>
17.  </body>

And the function where I would like to make the call:

1. function newAction(actionType){
2.         if(actionType=="StartTrial" || "AddRelation"){
3.             callLogAction(actionType);
4.         } else if(actionType == "Reset" || actionType == "EndTrial"){
5.             //document.squaresApplet.squaresApplet.reset();
6.             //document.applets[0].reset();
7.             $j("#squaresApplet-one")[0].reset();
8.             resetSquaresArray();
9.             moveNumber = 0;
10.             // reset world
11.             // then call logAction
12.         }
13.     }