Dear,

I am writing an application using Processing PApplet inside a Swing gui and those two are not a happy marriage. I have a listener for JButton which starts a Swing Worker to run some long calculations and then plot the outcomes. The problem is that only the calculations run in Swing Worker not the Processing Animation Thread responsible for plotting, in the result the gui looks like unoccupied (progress bar and Jbutton generateProcessing are not busy), while in reality it is still plotting for a good minute or so.

When profiling the application I can see Swing Worker thread running the calculations, then it dies out and the done() methods is executed and prints "Finished" message to terminal, then the Animation Thread immediately kicks in (after the plot is ready it doesn't go off but goes to sleep, but that's fine I guess).

The expected behaviuor would be to have the done() method called when both Animation Thread and the Swing Worker jobs are done.

My listener looks like this (timeSlicerToProcessing is a class extending PApplet)

1.     private class ListenGenerateProcessing implements ActionListener {
2.         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
3.             SwingWorker<Void, Void> worker = new SwingWorker<Void, Void>() {
4.                 // Executed in background thread
5.                 public Void doInBackground() {
6.                         generateProcessing.setEnabled(false);
7.                         progressBar.setIndeterminate(true);
8.                                                 //omitted
9.                             timeSlicerToProcessing.setBurnIn(Integer
10.                                     .valueOf(burnInParser.getText()));
11.                                                         timeSlicerToProcessing.Impute(); //lengthy computations
12.                             timeSlicerToProcessing.init();
13.                     return null;
14.                 }// END: doInBackground()
15.                 // Executed in event dispatch thread
16.                 public void done() {
17.                     System.out.println("Finished. \n");
18.                     generateProcessing.setEnabled(true);
19.                     progressBar.setIndeterminate(false);
20.                 }// END: done
21.             };
22.             worker.execute();
23.         }
24.     }// END: ListenGenerateProcessing

I'm writing a software using Processing core library and couldn't find what's the preffered (as in preffered by developers) way of citing the software in a scientific paper? Or actually is there any?

Is there a way of setting P3D renderer without using size() ? I tried:

1.     public String sketchRenderer() {
2.           return P3D;
3.         }

but doesn't seem to work.

Dear,

I am using swing to put a GUI around a class extending Processing PApplet, it takes a couple of arguments from textAreas and plots upon a button click. My problems is that when an exception is caught, because one of the arguments is ill-specified, the embedded PApplet "dies" - one cannot re-plot to it, but has to restart the application. How can a remedy that? Here is the relevant part of code (Processing button listener):

1.  private class ListenGenerateProcessing implements ActionListener {
2.         public void actionPerformed(ActionEvent ev) {
3.             SwingWorker<Void, Void> worker = new SwingWorker<Void, Void>() {
4.                 // Executed in background thread
5.                 public Void doInBackground() {
6.                     try {
7.                         continuousTreeToProcessing
8.                                 .setCoordinatesName(coordinatesNameParser
9.                                         .getText());
10.                         continuousTreeToProcessing.setHPD(HPDParser.getText()
11.                                 + "%");
12.                         continuousTreeToProcessing
13.                                 .setMaxPolygonRedMapping(polygonsColor.getRed());
14.                         continuousTreeToProcessing
15.                                 .setMaxPolygonGreenMapping(polygonsColor
16.                                         .getGreen());
17.                         continuousTreeToProcessing
18.                                 .setMaxPolygonBlueMapping(polygonsColor
19.                                         .getBlue());
20.                         continuousTreeToProcessing
21.                                 .setMaxPolygonOpacityMapping(polygonsColor
22.                                         .getAlpha());
23.                         continuousTreeToProcessing
24.                                 .setMaxBranchRedMapping(branchesColor.getRed());
25.                         continuousTreeToProcessing
26.                                 .setMaxBranchGreenMapping(branchesColor
27.                                         .getGreen());
28.                         continuousTreeToProcessing
29.                                 .setMaxBranchBlueMapping(branchesColor
30.                                         .getBlue());
31.                         continuousTreeToProcessing
32.                                 .setMaxBranchOpacityMapping(branchesColor
33.                                         .getAlpha());
34.                         continuousTreeToProcessing.init();
35.                     } catch (Exception e) {
36.                         e.printStackTrace();
37.                         String msg = String.format("Unexpected problem: %s", e
38.                                 .toString());
39.                         JOptionPane.showMessageDialog(Utils.getActiveFrame(),
40.                                 msg, "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE,
41.                                 errorIcon);
42.                     }
43.                     return null;
44.                 }// END: doInBackground()
45.                 // Executed in event dispatch thread
46.                 public void done() {
47.                     System.out.println("Finished. \n");
48.                 }
49.             };
50.             worker.execute();
51.         }
52.     }// END: ListenGenerateProcessing

Dear,

I'm building an Java app that uses Processing for it's plotting capabilities. However when using Quaqua I get

java.lang.ClassCastException: templates.ContinuousTreeToProcessing cannot be cast to javax.swing.JComponent

Where templates.ContinuousTreeToProcessing is a class extending PApplet. This is not the case when using system look & feel.

I'm adding the Processing PApplet to Swing like this:

1.         continuousTreeToProcessing = new ContinuousTreeToProcessing();
           continuousTreeToProcessing.setPreferredSize(new Dimension(2048, 1025));
           JScrollPane rightScrollPane = new JScrollPane(
                   continuousTreeToProcessing,
                   JScrollPane.VERTICAL_SCROLLBAR_ALWAYS,
                   JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_ALWAYS);
           add(rightScrollPane, BorderLayout.CENTER);
   

Dear,

I am trying to render a map from tab delimited file with latitude and longitude coordinates using the following code:

1. void drawMapPolygons() {
2. 
   
3.         // Dark grey polygon boundaries
4.         stroke(105, 105, 105);
5.         strokeWeight(1);
6.         strokeJoin(ROUND);
7.         // Sand brown polygon filling
8.         fill(244, 164, 96);
9. 
   
10.         int rowCount = mapdata.nrow;
11.         String region;
12.         String nextRegion;
13. 
    
14.         for (int row = 0; row < rowCount - 1; row++) {
15. 
    
16.             region = mapdata.locations[row];
17.             nextRegion = mapdata.locations[row + 1];
18. 
    
19.             if (nextRegion.toLowerCase().equals(region.toLowerCase())) {
20. 
    
21.                 beginShape();
22. 
    
23.                 float X = map(mapdata.getFloat(row, 0), minX, maxX, mapX1,
24.                         mapX2);
25.                 float Y = map(Utils.getMercatorLatitude(mapdata
26.                         .getFloat(row, 1)), minY, maxY, mapY2, mapY1);
27.                 float XEND = map(mapdata.getFloat(row + 1, 0), minX, maxX,
28.                         mapX1, mapX2);
29.                 float YEND = map(Utils.getMercatorLatitude(mapdata.getFloat(
30.                         row + 1, 1)), minY, maxY, mapY2, mapY1);
31. 
    
32.                 vertex(X, Y);
33.                 vertex(XEND, YEND);
34.                
35.             }
36.             endShape(CLOSE);
37.         }// END: row loop
38.     }// END: drawMapPolygons

Which gives me this:

However my fill() instruction seems to be ignored here as the polygons are not filled (instead they have a background color). What goes wrong here?

Dear all,

I am using Processing as a standalone library inside a pure Java app. I have two classes - on is a Processing sketch responsible for drawing, other is an awt based GUI.

I would love to be able to call the processing sketch from within the gui upon a "Print" JButton click, but my current implementation causes null pointer exception. Here is my code for the Processing part so far:

1. // TODO
   // add more grey space in the bottom
   // allow for mirroring in y axis
   package app;
   
   import SimplePostscript.SimplePostscript;
   import java.util.logging.Level;
   import java.util.logging.Logger;
   import processing.core.PApplet;
   import processing.core.PFont;
   
   public class Segments extends PApplet {
   
       private static final long serialVersionUID = 1L;
       RCallerReadNexus ReadNexus;
       private SimplePostscript ps;
       float[][] data;
       float[][] labelPos;
       String[] labels;
       float dataMin, dataMax;
       // For corners of the plot
       float plotX1, plotY1;
       float plotX2, plotY2;
   
       // Parse from GUI
       String RScriptpath = "/usr/local/bin/Rscript";
       // White space
       int HorMargin = 30; // <-->
       int VertMargin = 40; // /\ \/
       // Axis intervals (make it generic)
       double IntervalMajor = 50; // 10
       double IntervalMinor = 25; // 5
       // Font size:
       int fontSize = 11;
       // Generate Eps output?
       boolean getEps = true;
       // Extra space for tree labels (make it generic)
       int ShiftToRight = 150; // 57
   
       public void ReadNexus(String filename) {
   
           ReadNexus = new RCallerReadNexus(filename, RScriptpath);
   
       }
   
       public void setup() {
   
           try {
   
               size(900, 700); // width, height
               hint(ENABLE_NATIVE_FONTS);
   
               data = ReadNexus.getData();
               labels = ReadNexus.getLabels();
               labelPos = ReadNexus.getlabelsPos();
   
               // Calculate the min and max
               dataMin = ceil(RCallerReadNexus.getDataMin());
               dataMax = ceil(RCallerReadNexus.getDataMax());
   
               // wont generate png without:
               noLoop();
   
               // Corners of the plot
               plotX1 = HorMargin + ShiftToRight; // <-->
               plotX2 = width - plotX1 - ShiftToRight;
               plotY1 = VertMargin; // /\ \/
               plotY2 = height - plotY1;
   
               // Post script
               if (getEps) {
                   ps = new SimplePostscript(this);
                   ps.open("segments.eps", plotX1 - HorMargin,
                           plotY1 - VertMargin, plotX2 + HorMargin + ShiftToRight,
                           plotY2 + VertMargin);
               }
               PFont plotFont = createFont("Arial", 12);
               doTextFont(plotFont);
           } catch (Exception ex) {
               Logger.getLogger(Segments.class.getName()).log(Level.SEVERE, null,
                       ex);
           }
       }
   
       @Override
       public void draw() {
           try {
               drawPlotArea();
               drawHorGrid();
               DrawVertGrid();
               drawTree();
               drawTreeLabels();
               drawAxisLabels();
               if (getEps) {
                   ps.close();
               }
               saveFrame("segments.png");
               ReadNexus.saveData("Data.data");
               ReadNexus.saveLabelsAndLabPos("LabelsAndLabPos.data");
           } // END: try
           catch (Exception ex) {
               Logger.getLogger(Segments.class.getName()).log(Level.SEVERE, null,
                       ex);
           }
       }// END: draw
   
       void drawHorGrid() {
           boolean HorizPanelGridMajor = true;
           boolean HorizPanelGridMinor = true;
   
           for (float v = dataMin; v <= dataMax + ShiftToRight; v += IntervalMinor) {
               if (v % IntervalMinor == 0) { // If Interval
                   float x = map(v, dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
                   if (v % IntervalMajor == 0) { // If Major Interval
   
                       if (HorizPanelGridMajor) {
                           // Draw major vertical grid
                           // Use same color as background
                           doStroke(255, 255, 255);
                           doStrokeWeight(2);
                           doLine(x, plotY1, x, plotY2);
                       }
                   } else if (HorizPanelGridMinor) {
                       // Draw minor vertical grid
                       // Use same color as background
                       doStroke(255, 255, 255);
                       doStrokeWeight(1);
                       doLine(x, plotY1, x, plotY2);
                   }
               }
           }
   
       }// End: drawHorGrid
   
       void DrawVertGrid() {
           boolean VertPanelGridMajor = true;
           boolean VertPanelGridMinor = true;
   
           for (float v = dataMin; v <= dataMax; v += IntervalMinor) {
               if (v % IntervalMinor == 0) { // if Interval
                   float y = map(v, dataMin, dataMax, plotY1, plotY2);
                   if (v % IntervalMajor == 0) { // If Major Interval
   
                       if (VertPanelGridMajor) {
                           // Draw the major horizontal grid
                           // Use same color as background
                           doStroke(255, 255, 255);
                           doStrokeWeight(2);
                           doLine(plotX1, y, plotX2 + ShiftToRight, y);
                       }
                   } else if (VertPanelGridMinor) {
                       doStroke(255, 255, 255);
                       doStrokeWeight(1);
                       doLine(plotX1, y, plotX2 + ShiftToRight, y);
   
                   }
               }
           }
       }// End: drawVertGrid
   
       void drawTree() {
           doStrokeWeight(2);
           doStroke(95, 95, 227); // blue
           int rowCount = data.length;
           for (int row = 0; row < rowCount; row++) {
               float x0 = map(data[row][0], dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
               float y0 = map(data[row][1], dataMin, dataMax, plotY1, plotY2);
               float x1 = map(data[row][2], dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
               float y1 = map(data[row][3], dataMin, dataMax, plotY1, plotY2);
               doLine(x0, y0, x1, y1);
           }
       }
   
       void drawTreeLabels() {
   
           doFill(0, 0, 0); // black
           smooth();
           textSize(fontSize);
           textAlign(CENTER, CENTER);
   
           int rowCount = labels.length;
           for (int row = 0; row < rowCount; row++) {
               String label = labels[row];
               float x0 = map(labelPos[row][0], dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
               float y0 = map(labelPos[row][1], dataMin, dataMax, plotY1, plotY2);
               // do the shift smarter
               doText(label, x0, y0, 35, -1); // 35, -1 <-->, /\\/
           }
       }
   
       // Shift the origin (0,0) to the lower-left corner (mirroring the y axis)
       void ShiftOrigin() {
           doTranslate(0, height);
           doScale(1, -1); // 1, -1
       }
   
       void drawPlotArea() {
           // White background
           background(255, 255, 255);
           // Show the plot area as a grey box
           doFill(225, 225, 225);
           rectMode(CORNERS);
           noStroke();
           doRect(plotX1, plotY1, plotX2 + ShiftToRight, plotY2);
       }
   
       // TODO
       // In eps output labels are shifted to the right
       void drawAxisLabels() {
   
           doFill(0, 0, 0);
           smooth();
           textSize(fontSize);
           textAlign(CENTER, CENTER);
   
           // This is stupid
           for (float v = dataMin; v <= dataMax + ShiftToRight / 6; v += IntervalMinor) {
               // This wont draw the last label
               // for (float v = dataMin; v <= dataMax; v += IntervalMinor) {
               if (v % IntervalMajor == 0) { // If a major tick mark
                   float x = map(v, dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
                   doText(String.valueOf((int) v), x, plotY2, 0, 10); // 0, 10
                   // <-->,
                   // /\\/
   
               }
           }
       }
   
       void doFill(float r, float g, float b) {
           fill(r, g, b);
           if (getEps) {
               ps.setrgb((int) r, (int) g, (int) b);
           }
       }
   
       void doStroke(float r, float g, float b) {
           stroke(r, g, b);
           if (getEps) {
               ps.setrgb((int) r, (int) g, (int) b);
           }
       }
   
       void doStrokeWeight(float width) {
           strokeWeight(width);
           if (getEps) {
               ps.setlinewidth(width);
               ps.stroke();
           }
       }
   
       void doLine(float x1, float y1, float x2, float y2) {
           line(x1, y1, x2, y2);
           if (getEps) {
               ps.moveto(x1, y1);
               ps.lineto(x2, y2);
               ps.stroke();
   
           }
       }
   
       void doRect(float x1, float y1, float x2, float y2) {
           rect(x1, y1, x2, y2);
           if (getEps) {
               ps.rect(x1, y1, x2, y2);
               ps.fill();
           }
   
       }
   
       void doTranslate(float x, float y) {
           translate(x, y);
           if (getEps) {
               ps.translate(x, y);
           }
       }
   
       void doScale(float x, float y) {
           scale(x, y);
           if (getEps) {
               ps.scale(x, y);
           }
       }
   
       void doText(String label, float x0, float y0, int moveTextHor,
               int moveTextVert) {
           text(label, x0 + moveTextHor, y0 + moveTextVert);
           if (getEps) {
               ps.text(x0 + moveTextHor / 10, y0 + moveTextVert + 4, label);// /10,
               // +4
           }
       }
   
       void doTextFont(PFont plotFont) {
           textFont(plotFont);
           if (getEps) {
               ps.setfont(String.valueOf(plotFont), fontSize);
           }
       }
   
   }// END: Main
   
   
   

and the simple awt/swing gui:

1. package app;
   
   import java.awt.BorderLayout;
   import java.awt.event.ActionEvent;
   import java.awt.event.ActionListener;
   import java.awt.event.WindowAdapter;
   import java.awt.event.WindowEvent;
   import java.io.File;
   
   import javax.swing.JButton;
   import javax.swing.JFileChooser;
   import javax.swing.JFrame;
   import javax.swing.JMenuBar;
   import javax.swing.JSeparator;
   
   public class AppGui {
   
       public String filename;
       private Segments segments;
      
       // Initialize all swing objects
   
       // Frame
       private JFrame Frame = new JFrame("Segments v4.0"); // create Frame
   
       // Buttons with options
       private JButton New = new JButton("New");
       private JButton Open = new JButton("Open");
       private JButton Close = new JButton("Close");
       private JButton Print = new JButton("Print");
       private JSeparator Separator = new JSeparator(JSeparator.VERTICAL);
       private JButton Help = new JButton("Help");
       private JButton Quit = new JButton("Quit");
   
       // Menu
       private JMenuBar mb = new JMenuBar(); // Menubar
   
       /** Constructor for the GUI */
       public AppGui() {
   
           segments = new Segments();
          
           // Set menubar
           Frame.setJMenuBar(mb);
   
           // Build Menus
           mb.add(New); // Create Quit line
           mb.add(Open);
           mb.add(Close);
           mb.add(Print);
           mb.add(Separator);
           mb.add(Help);
           mb.add(Quit);
   
           // Setup Main Frame
           Frame.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
   
           // Allows the Swing App to be closed
           Frame.addWindowListener(new ListenCloseWdw());
   
           // Add processing PApplet
           segments.init();
           Frame.add(segments);
          
           // Add Menu listeners
           Quit.addActionListener(new ListenMenuQuit());
           Open.addActionListener(new ListenMenuOpen());
           Print.addActionListener(new ListenMenuPrint());
          
       }
   
       public class ListenMenuQuit implements ActionListener {
           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
               System.exit(0);
           }
       }
   
       public class ListenMenuOpen implements ActionListener {
           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
   
               JFileChooser chooser = new JFileChooser();
   
               chooser.showOpenDialog(chooser);
               File file = chooser.getSelectedFile();
               filename = file.getAbsolutePath();
           }
       }
   
       public class ListenMenuPrint implements ActionListener {
           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
   
   segments.ReadNexus(filename);
              
           }
       }
   
       public class ListenCloseWdw extends WindowAdapter {
           public void windowClosing(WindowEvent e) {
               System.exit(0);
           }
       }
   
       public void launchFrame() {
           // Display Frame
           Frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
           Frame.pack(); // Adjusts panel to components for display
           Frame.setVisible(true);
          
       }
   
       public static void main(String args[]) {
           AppGui gui = new AppGui();
           gui.launchFrame();
       }
   
   }
   

Obviously the problem lies in communicating  the filename string to setup method in Segments class (the part in bold that makes a call to RCallerReadNexus class). I have no other ideas as of how to proceed from here.
Sincerely, f