Dear all,

I am using Processing as a standalone library inside a pure Java app. I have two classes - on is a Processing sketch responsible for drawing, other is an awt based GUI.

I would love to be able to call the processing sketch from within the gui upon a "Print" JButton click, but my current implementation causes null pointer exception. Here is my code for the Processing part so far:

1. // TODO
   // add more grey space in the bottom
   // allow for mirroring in y axis
   package app;
   
   import SimplePostscript.SimplePostscript;
   import java.util.logging.Level;
   import java.util.logging.Logger;
   import processing.core.PApplet;
   import processing.core.PFont;
   
   public class Segments extends PApplet {
   
       private static final long serialVersionUID = 1L;
       RCallerReadNexus ReadNexus;
       private SimplePostscript ps;
       float[][] data;
       float[][] labelPos;
       String[] labels;
       float dataMin, dataMax;
       // For corners of the plot
       float plotX1, plotY1;
       float plotX2, plotY2;
   
       // Parse from GUI
       String RScriptpath = "/usr/local/bin/Rscript";
       // White space
       int HorMargin = 30; // <-->
       int VertMargin = 40; // /\ \/
       // Axis intervals (make it generic)
       double IntervalMajor = 50; // 10
       double IntervalMinor = 25; // 5
       // Font size:
       int fontSize = 11;
       // Generate Eps output?
       boolean getEps = true;
       // Extra space for tree labels (make it generic)
       int ShiftToRight = 150; // 57
   
       public void ReadNexus(String filename) {
   
           ReadNexus = new RCallerReadNexus(filename, RScriptpath);
   
       }
   
       public void setup() {
   
           try {
   
               size(900, 700); // width, height
               hint(ENABLE_NATIVE_FONTS);
   
               data = ReadNexus.getData();
               labels = ReadNexus.getLabels();
               labelPos = ReadNexus.getlabelsPos();
   
               // Calculate the min and max
               dataMin = ceil(RCallerReadNexus.getDataMin());
               dataMax = ceil(RCallerReadNexus.getDataMax());
   
               // wont generate png without:
               noLoop();
   
               // Corners of the plot
               plotX1 = HorMargin + ShiftToRight; // <-->
               plotX2 = width - plotX1 - ShiftToRight;
               plotY1 = VertMargin; // /\ \/
               plotY2 = height - plotY1;
   
               // Post script
               if (getEps) {
                   ps = new SimplePostscript(this);
                   ps.open("segments.eps", plotX1 - HorMargin,
                           plotY1 - VertMargin, plotX2 + HorMargin + ShiftToRight,
                           plotY2 + VertMargin);
               }
               PFont plotFont = createFont("Arial", 12);
               doTextFont(plotFont);
           } catch (Exception ex) {
               Logger.getLogger(Segments.class.getName()).log(Level.SEVERE, null,
                       ex);
           }
       }
   
       @Override
       public void draw() {
           try {
               drawPlotArea();
               drawHorGrid();
               DrawVertGrid();
               drawTree();
               drawTreeLabels();
               drawAxisLabels();
               if (getEps) {
                   ps.close();
               }
               saveFrame("segments.png");
               ReadNexus.saveData("Data.data");
               ReadNexus.saveLabelsAndLabPos("LabelsAndLabPos.data");
           } // END: try
           catch (Exception ex) {
               Logger.getLogger(Segments.class.getName()).log(Level.SEVERE, null,
                       ex);
           }
       }// END: draw
   
       void drawHorGrid() {
           boolean HorizPanelGridMajor = true;
           boolean HorizPanelGridMinor = true;
   
           for (float v = dataMin; v <= dataMax + ShiftToRight; v += IntervalMinor) {
               if (v % IntervalMinor == 0) { // If Interval
                   float x = map(v, dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
                   if (v % IntervalMajor == 0) { // If Major Interval
   
                       if (HorizPanelGridMajor) {
                           // Draw major vertical grid
                           // Use same color as background
                           doStroke(255, 255, 255);
                           doStrokeWeight(2);
                           doLine(x, plotY1, x, plotY2);
                       }
                   } else if (HorizPanelGridMinor) {
                       // Draw minor vertical grid
                       // Use same color as background
                       doStroke(255, 255, 255);
                       doStrokeWeight(1);
                       doLine(x, plotY1, x, plotY2);
                   }
               }
           }
   
       }// End: drawHorGrid
   
       void DrawVertGrid() {
           boolean VertPanelGridMajor = true;
           boolean VertPanelGridMinor = true;
   
           for (float v = dataMin; v <= dataMax; v += IntervalMinor) {
               if (v % IntervalMinor == 0) { // if Interval
                   float y = map(v, dataMin, dataMax, plotY1, plotY2);
                   if (v % IntervalMajor == 0) { // If Major Interval
   
                       if (VertPanelGridMajor) {
                           // Draw the major horizontal grid
                           // Use same color as background
                           doStroke(255, 255, 255);
                           doStrokeWeight(2);
                           doLine(plotX1, y, plotX2 + ShiftToRight, y);
                       }
                   } else if (VertPanelGridMinor) {
                       doStroke(255, 255, 255);
                       doStrokeWeight(1);
                       doLine(plotX1, y, plotX2 + ShiftToRight, y);
   
                   }
               }
           }
       }// End: drawVertGrid
   
       void drawTree() {
           doStrokeWeight(2);
           doStroke(95, 95, 227); // blue
           int rowCount = data.length;
           for (int row = 0; row < rowCount; row++) {
               float x0 = map(data[row][0], dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
               float y0 = map(data[row][1], dataMin, dataMax, plotY1, plotY2);
               float x1 = map(data[row][2], dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
               float y1 = map(data[row][3], dataMin, dataMax, plotY1, plotY2);
               doLine(x0, y0, x1, y1);
           }
       }
   
       void drawTreeLabels() {
   
           doFill(0, 0, 0); // black
           smooth();
           textSize(fontSize);
           textAlign(CENTER, CENTER);
   
           int rowCount = labels.length;
           for (int row = 0; row < rowCount; row++) {
               String label = labels[row];
               float x0 = map(labelPos[row][0], dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
               float y0 = map(labelPos[row][1], dataMin, dataMax, plotY1, plotY2);
               // do the shift smarter
               doText(label, x0, y0, 35, -1); // 35, -1 <-->, /\\/
           }
       }
   
       // Shift the origin (0,0) to the lower-left corner (mirroring the y axis)
       void ShiftOrigin() {
           doTranslate(0, height);
           doScale(1, -1); // 1, -1
       }
   
       void drawPlotArea() {
           // White background
           background(255, 255, 255);
           // Show the plot area as a grey box
           doFill(225, 225, 225);
           rectMode(CORNERS);
           noStroke();
           doRect(plotX1, plotY1, plotX2 + ShiftToRight, plotY2);
       }
   
       // TODO
       // In eps output labels are shifted to the right
       void drawAxisLabels() {
   
           doFill(0, 0, 0);
           smooth();
           textSize(fontSize);
           textAlign(CENTER, CENTER);
   
           // This is stupid
           for (float v = dataMin; v <= dataMax + ShiftToRight / 6; v += IntervalMinor) {
               // This wont draw the last label
               // for (float v = dataMin; v <= dataMax; v += IntervalMinor) {
               if (v % IntervalMajor == 0) { // If a major tick mark
                   float x = map(v, dataMin, dataMax, plotX1, plotX2);
                   doText(String.valueOf((int) v), x, plotY2, 0, 10); // 0, 10
                   // <-->,
                   // /\\/
   
               }
           }
       }
   
       void doFill(float r, float g, float b) {
           fill(r, g, b);
           if (getEps) {
               ps.setrgb((int) r, (int) g, (int) b);
           }
       }
   
       void doStroke(float r, float g, float b) {
           stroke(r, g, b);
           if (getEps) {
               ps.setrgb((int) r, (int) g, (int) b);
           }
       }
   
       void doStrokeWeight(float width) {
           strokeWeight(width);
           if (getEps) {
               ps.setlinewidth(width);
               ps.stroke();
           }
       }
   
       void doLine(float x1, float y1, float x2, float y2) {
           line(x1, y1, x2, y2);
           if (getEps) {
               ps.moveto(x1, y1);
               ps.lineto(x2, y2);
               ps.stroke();
   
           }
       }
   
       void doRect(float x1, float y1, float x2, float y2) {
           rect(x1, y1, x2, y2);
           if (getEps) {
               ps.rect(x1, y1, x2, y2);
               ps.fill();
           }
   
       }
   
       void doTranslate(float x, float y) {
           translate(x, y);
           if (getEps) {
               ps.translate(x, y);
           }
       }
   
       void doScale(float x, float y) {
           scale(x, y);
           if (getEps) {
               ps.scale(x, y);
           }
       }
   
       void doText(String label, float x0, float y0, int moveTextHor,
               int moveTextVert) {
           text(label, x0 + moveTextHor, y0 + moveTextVert);
           if (getEps) {
               ps.text(x0 + moveTextHor / 10, y0 + moveTextVert + 4, label);// /10,
               // +4
           }
       }
   
       void doTextFont(PFont plotFont) {
           textFont(plotFont);
           if (getEps) {
               ps.setfont(String.valueOf(plotFont), fontSize);
           }
       }
   
   }// END: Main
   
   
   

and the simple awt/swing gui:

1. package app;
   
   import java.awt.BorderLayout;
   import java.awt.event.ActionEvent;
   import java.awt.event.ActionListener;
   import java.awt.event.WindowAdapter;
   import java.awt.event.WindowEvent;
   import java.io.File;
   
   import javax.swing.JButton;
   import javax.swing.JFileChooser;
   import javax.swing.JFrame;
   import javax.swing.JMenuBar;
   import javax.swing.JSeparator;
   
   public class AppGui {
   
       public String filename;
       private Segments segments;
      
       // Initialize all swing objects
   
       // Frame
       private JFrame Frame = new JFrame("Segments v4.0"); // create Frame
   
       // Buttons with options
       private JButton New = new JButton("New");
       private JButton Open = new JButton("Open");
       private JButton Close = new JButton("Close");
       private JButton Print = new JButton("Print");
       private JSeparator Separator = new JSeparator(JSeparator.VERTICAL);
       private JButton Help = new JButton("Help");
       private JButton Quit = new JButton("Quit");
   
       // Menu
       private JMenuBar mb = new JMenuBar(); // Menubar
   
       /** Constructor for the GUI */
       public AppGui() {
   
           segments = new Segments();
          
           // Set menubar
           Frame.setJMenuBar(mb);
   
           // Build Menus
           mb.add(New); // Create Quit line
           mb.add(Open);
           mb.add(Close);
           mb.add(Print);
           mb.add(Separator);
           mb.add(Help);
           mb.add(Quit);
   
           // Setup Main Frame
           Frame.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
   
           // Allows the Swing App to be closed
           Frame.addWindowListener(new ListenCloseWdw());
   
           // Add processing PApplet
           segments.init();
           Frame.add(segments);
          
           // Add Menu listeners
           Quit.addActionListener(new ListenMenuQuit());
           Open.addActionListener(new ListenMenuOpen());
           Print.addActionListener(new ListenMenuPrint());
          
       }
   
       public class ListenMenuQuit implements ActionListener {
           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
               System.exit(0);
           }
       }
   
       public class ListenMenuOpen implements ActionListener {
           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
   
               JFileChooser chooser = new JFileChooser();
   
               chooser.showOpenDialog(chooser);
               File file = chooser.getSelectedFile();
               filename = file.getAbsolutePath();
           }
       }
   
       public class ListenMenuPrint implements ActionListener {
           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
   
   segments.ReadNexus(filename);
              
           }
       }
   
       public class ListenCloseWdw extends WindowAdapter {
           public void windowClosing(WindowEvent e) {
               System.exit(0);
           }
       }
   
       public void launchFrame() {
           // Display Frame
           Frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
           Frame.pack(); // Adjusts panel to components for display
           Frame.setVisible(true);
          
       }
   
       public static void main(String args[]) {
           AppGui gui = new AppGui();
           gui.launchFrame();
       }
   
   }
   

Obviously the problem lies in communicating  the filename string to setup method in Segments class (the part in bold that makes a call to RCallerReadNexus class). I have no other ideas as of how to proceed from here.
Sincerely, f